Genellikle iyi huylu kitlelerin yumurtalıklardan çıkartılmasına işlemine kistektomi adı verilir. Yumurtalıklarda meydana gelen kistler çoğunlukla üreme çağındaki kadınlarda görülen bir
durumdur. Kistektomi işlemi iki farklı yöntemle uygulanabilir. Bunlar açık ameliyat ve kapalı (laparoskopik) ameliyattır. Hastaya hangi ameliyat yönteminin uygulanması gerektiğine uzman doktor hastanın sağlık durumuna, yumurtalıktaki kistin ölçüsüne göre yapmaktadır. Bazı durumlarda operasyon esnasında kistle birlikte rahim ya da yumurtalıkların alınması durumu da söz konusu olabilmektedir. Bu durum özellikle kanser belirtilerinde uygulanmaktadır.

Yumurtalıklardaki kist ya da kistler iyi huylu olmalarına rağmen bazen etraflarındaki dokuya yapışarak sağlığı olumsuz etkileyebilmektedirler. Bazen kşstler patlayarak karın içine sıvısı yayılabilir veya kist kendi etrafında dönerek şiddetli sancıya veya yumurtalık beslenmesinin bozulmasına neden olabilir. Bu durumlarda da yine kistlerin veya  yumurtalıkların alınması söz konusu olabilmektedir.

Laparoskopik ameliyatta karnın alt bölgesinden 1 cm ölçüsünde birkaç delik açılmasıyla birlikte yumurtalıktaki kist özel aletler yardımıyla çıkartılır. Bu operasyonda derin kesi işlemi uygulanmadığı için hasta kısa sürede iyileşme gösterir. Bu yöntem aynı zamanda işlem sonrasındaki ağrının azalmasında da etkili bir yöntemdir. Bu sebeple çoğunlukla laparoskopik ameliyat tercih edilmektedir. Ancak hastanın karın içinde ileri yapışıklıklara sahip olması, ileri hafta gebe olması ve kistin normalden daha büyük olması gibi durumlarda açık ameliyat yöntemi tercih edilmektedir.